En 1996, Pablo Korschenewski, ciudadano ruso y antiguo poblador de la Patagonia, tomó una decisión y se la comunicó al antropólogo Rodolfo Casamiquela, profundo conocedor de la región además de viejo amigo suyo. Quería crear un instituto-archivo para ilustrar la historia patagónica partiendo del capítulo indígena.
Korschenewski llevaba años coleccionando materiales arqueológicos que procedían sobre todo de la provincia de Santa Cruz. Ahora que su salud se estaba deteriorando, había decidido donar las colecciones a la Fundación Ameghino, una entidad sin ánimo de lucro dedicada a promocionar la investigación científica y la cultura regional, que presidía desde hacía veinte años el propio Casamiquela.
Tras el inventario y la cesión de las colecciones (miles de piezas líticas), Korschenewski anunció a su socio la llegada de Carlo Benetton, que albergaba una gran pasión por la Patagonia y se interesaba por el proyecto desde hacía ya varios años. Benetton se encontraba realizando una breve visita en compañía de la responsable de comunicación del Grupo Benetton en Argentina, Josefina Braun, quien se había ocupado de entablar el contacto entre ellos. La joven, influida por sus raíces en la Patagonia austral, fue la artífice decisiva de la iniciativa soñada por don Pablo.
Todo empezó con una conversación entre los cuatro personajes en la residencia de Korschenewski en Puerto Madryn, que alojaba su colección y era conocida como “la casa de las manos pintadas” debido a las figuras que adornaban la fachada exterior. Unos tres años después, nacerían dos instituciones asociadas: el Centro de Investigaciones Científicas “El hombre patagónico y su medio” y el Museo Leleque. Con el paso del tiempo, y gracias al prestigio obtenido con la primera exposición, el Museo ha adquirido relevancia nacional e internacional, alcanzando una gran notoriedad.